С 1920 г. обителью управляла прмц. Рафаила (Тертацкая). Видя наступление советской власти на Церковь, мать Рафаила сама предложила разместить в монастыре сиротский приют: он был предпочтительнее иных светских учреждений. Подвижница, как могла, старалась сберечь обитель и защитить насельниц. Но в 1923 г. монастырь закрыли. Часть сестер во главе с прмц. Рафаилой поселилась в отдельном доме в Чигирине. В 1926 г. богоборцы ворвались туда, схватили подвижницу и увезли на скотобойню, где подвергли ее чудовищным истязаниям, а затем заживо закопали в землю. Когда убийцы ушли, одна из послушниц, видевшая все издали, откопала еще живую мать Рафаилу, и та, на руках у сестры, отошла к Богу. В 2003 г. мощи прмц. Рафаилы были обретены и перенесены в Казанский собор г. Чигирина, в 2008 г. – возвращены в монастырь.